Những điểm mới của Thông tư 99 về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

VĂN DŨNG (tổng hợp) |

Bộ Tài chính ban hành Thông tư 99/2016/TT-BTC (Thông tư 99) hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Thông tư này có hiệu lực thi hành hôm 13.8.2016 và thay thế Thông tư 94/2010/TT-BTC về hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu, Quyết định 2404/QĐ-BTC kiểm tra hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn trước, kiểm tra sau và Thông tư 150/2013/TT-BTC lập, quản lý quỹ hoàn thuế GTGT.

Theo đó, Thông tư  99 hướng dẫn về việc quản lý hoàn thuế GTGT, hoàn thuế cho hàng hóa của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang theo khi xuất cảnh thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 72/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính. Thông tư cũng hướng dẫn cụ thể việc hoàn trả số tiền thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa thực hiện theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế.

Thông tư  99 gồm 5 chương và 32 điều, quy định chi tiết nguyên tắc quản lý hoàn thuế GTGT, quản lý kinh phí hoàn thuế GTGT, đồng thời cũng quy định rất rõ việc áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế GTGT; quản lý kinh phí hoàn thuế GTGT. Đặc biệt, thông tư quy định rất chi tiết quy trình giải quyết hoàn thuế GTGT từ khâu lập, gửi hồ sơ, tiếp nhận, phân loại hồ sơ; xác định số thuế được hoàn cũng như quy định về việc bù trừ số thuế được hoàn với số thuế còn nợ; công khai thông tin giải quyết hoàn thuế… Quy định này giúp cho người nộp thuế (NNT) nắm rõ được trình tự các việc phải thực hiện khi làm hồ sơ hoàn thuế và qua đó cũng giám sát được việc giải quyết của cơ quan thuế, công chức thuế.
Ngoài phần quy định về quản lý, giải quyết, trách nhiệm của các cơ quan chức năng trong quản lý hoàn thuế GTGT, thông tư còn có một số quy định mới liên quan đến NNT, các quy định mới này đều theo hướng rất rõ ràng, minh bạch và tạo thuận lợi cho người nộp thuế, đó là:

- Về tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế: Ngoài hình thức truyền thống là nộp hồ sơ trực tiếp và gửi qua bưu chính thì thông tư có quy định mới về việc tiếp nhận hồ sơ điện tử. Theo đó, NNT có thể gửi hồ sơ cho cơ quan thuế trên cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Đối với các hồ sơ gửi điện tử thì quyết định hoàn thuế cũng được cơ quan thuế gửi cho NNT theo đường điện tử.

- Về việc giải trình bổ sung thông tin: Thông tư có quy định rõ trường hợp thông tin liên quan đến xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn thuộc trách nhiệm quản lý của cơ quan nhà nước đã có quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác với cơ quan thuế thì cơ quan thuế không được yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu.

- Về công khai thông tin giải quyết hoàn thuế: Thông tư quy định cơ quan thuế công khai trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế về từng thời điểm liên quan đến quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế từ khâu tiếp nhận hồ sơ đến việc giải trình, bổ sung và ban hành thông báo, quyết định giải quyết hoàn thuế; đồng thời quy định người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử được tra cứu thông tin về việc giải quyết hoàn thuế của cơ quan thuế.

Một điểm cần lưu ý: các hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư 99 đã nộp cơ quan thuế trước thời điểm Thông tư 99 có hiệu lực thi hành (13.8.2016), đáp ứng điều kiện, trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế GTGT và Luật Quản lý thuế và cơ quan thuế đang giải quyết hoàn thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế, chưa ban hành quyết định hoàn thuế thì áp dụng quy định về giải quyết hoàn thuế trước thời điểm Thông tư 99 có hiệu lực thi hành.

VĂN DŨNG (tổng hợp)