Linh Sơn - ngôi chùa có lịch sử gần 300 năm là một trong những dấu ấn lịch sử của đất và người Đại Phú nói riêng, Đại Nghĩa (Đại Lộc) nói chung.
Theo văn bia được lập ở khuôn viên chùa hiện nay, chùa Linh Sơn có từ năm 1780, năm Canh Tý, dưới triều vua Lê Hiển Tông, niên hiệu Cảnh niên tứ thập nhứt niên với tên là Bửu Sơn tự.
Tấm bia được lập năm Quý Tỵ 2013 (Phật lịch 2557) đề cập: Năm 1780, năm Canh Tý, triều vua Lê Hiển Tông, niên hiệu Cảnh Hưng tứ thập nhứt niên, lý hào, chư tộc làng Bửu Sơn Châu (nay là thôn Đại Phú, xã Đại Nghĩa) đã phát tâm xây dựng chùa làng, cũng vì vậy chùa có tên là Bửu Sơn tự, tại xứ đất Phố Lam (nay là thôn Đại Phú, xã Đại Nghĩa).
Qua bao lần trùng tu, đến năm 1939, năm Kỷ Mão, triều vua Nguyễn Vĩnh Thụy, niên hiệu Bảo Đại thập tứ niên, với sự phát nguyện của bà Trung Quân, vợ của một vị thống lĩnh, đơn xin đại tu bổ chùa được chấp thuận và lúc này chùa lấy tên là Linh Sơn.
Năm 1945, chùa bị giặc Pháp tàn phá, đến năm 1957, một số cư sĩ lập khuôn hội Đại Phú và xin xây chùa ở khu vực này là Bệnh viện Đại Lộc. Năm 1977, theo chủ trương của nhà nước, vì lợi ích xã hội, chùa được di dời đến vị trí mới trên một gò cao nằm dưới chân Núi Lở thuộc dãy Sơn Gà, thôn Đại Phú ngày nay.
Vốn là một ngôi chùa làng không có trụ trì, chùa Linh Sơn là nơi chốn thể hiện niềm tín ngưỡng, tâm linh của cư dân trong vùng. Dưới bóng chùa làng, dân làng sinh sống thái bình, an cư lạc nghiệp.
Năm 2002, chùa Linh Sơn do Thượng tọa thế danh Nguyễn Văn Khiết (Đình Khiết), pháp danh Nhuận Minh, pháp tự Hạnh Thông, pháp hiệu Huệ Trí, thuộc đời 42 dòng Lâm Tế chánh tông Chúc Thánh pháp phái trụ trì.
Thượng tọa Thích Hạnh Thông sinh ngày 6/10/1931 tại làng Hòa Mỹ, xã Đại Nghĩa, huyện Đại Lộc. Trải qua nhiều đợt trùng tu, tôn tạo, từ vóc dáng của ngôi chùa làng, Linh Sơn đã khoác lên mình diện mạo khang trang hơn. Ngoài khu chính điện, chùa còn có khu vực cư trú, học tập của tăng ni, phật tử xa gần.
Thượng tọa Thích Hạnh Thông đã từng bước vận động trùng tu xây dựng ngôi chùa trang nghiêm như ngày nay gồm: xây dựng đài Quan Âm lộ thiên vào năm 1995; đặt đá khởi công trùng tu ngôi chánh điện chùa Linh Sơn vào 1997.
Năm 1999, xây nhà thờ linh, năm 2000, xây nhà hậu Tổ và tiền đường, cổng Tam Quan. Ngày 6/1/1997, lễ trí thành được tổ chức sau 3 năm chùa xây dựng; lễ hoàn nguyên chùa Linh Sơn diễn ra vào năm 2001 trong niềm hoan hỷ của tăng ni, phật tử gần xa.
Không chỉ có công trong việc vận động trùng tu ngôi chùa khang trang như hiện nay, Thượng tọa Thích Hạnh Thông còn có công đức lớn trong việc giữ gìn ổn định và đặt nền móng cho sự phát triển Phật giáo Đại Lộc thập niên 1960 - thời kỳ chấn hưng Phật giáo. Năm 2019, Thượng tọa viên tịch do tuổi cao, sức yếu, Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam huyện Đại Lộc đã công bố quyết định bổ nhiệm Đại đức Thích Hạnh Toàn làm trụ trì chùa Linh Sơn.
Để đến chùa Linh Sơn, từ tuyến ĐT 609 qua thôn Đại Phú, du khách men theo cánh đồng rộng lớn chừng một cây số đã thấy bóng dáng ngôi chùa xưa ẩn hiện, những bình yên cứ thế theo về...