Vành đai Khu dự trữ sinh quyển thế giới Cù Lao Chàm - Hội An bao gồm các hệ sinh thái vùng cửa sông Thu Bồn và vùng biển Cù Lao Chàm. Thế nhưng hiện nay, các loài thủy, hải sản khu vực vùng bờ đang bị đe dọa, uy hiếp bởi nghề lưới lồng.
Đây là loại lưới bát quái có xuất xứ từ Trung Quốc, được thiết kế khác với lưới thông thường. Lưới lồng gồm những cái lồng hình chữ nhật, có cửa kiểu như hom giỏ (hom lờ) để các loài thủy sản chui vào, không tìm được đường ra. Mỗi tay lưới dài chừng 5 - 7m và mỗi ngư dân có đến 100 - 200 tay lưới. Mắt lưới dày nên tất cả loại hải sản lớn nhỏ, từ con cá, tôm, tép đến cua, ghẹ, lươn lạch khi bị sa vào bẫy lồng thì không có đường thoát. Theo nhiều ngư dân, gần như lưới lồng phổ biến trên các dòng sông, kênh mương, vây kín quanh rừng dừa nước Cẩm Thanh, các cồn bãi tự nhiên, các bãi đẻ, bãi ương giống của thủy sản trong khu sinh quyển. Ở một số khu vực như Cẩm Kim, Cẩm Nam, Cẩm Thanh và vùng ven sông thuộc xã Duy Vinh, Duy Nghĩa, nghề lưới lồng này trở thành nguồn thu nhập chính của người dân. Gần đây, nhiều hộ làm nghề truyền thống như làm rớ, lưới đáy, thả lưới 3 lớp trên sông chuyển sang làm nghề lưới lồng, dẫn đến các nguồn thủy sản ngày càng cạn kiệt. Dễ thấy nhất là vào các buổi chiều mỗi ngày, một số khu vực ở các nhánh sống nhộn nhịp các ghe thả lưới lồng. Lưới lồng nối đuôi nhau thành hệ thống, giăng trải dài dọc theo lòng sông hàng cây số chiều dài và 5 - 10m ngang lại có một lớp lưới lồng khác. Ngư dân Nguyễn Văn T. (xã Cẩm Kim) cho biết: “Mỗi đêm nghề lưới lồng có thể cho ngư dân thu nhập từ năm trăm đến hơn một triệu đồng. Công việc nhẹ nhàng, không cần có kinh nghiệm, không cần mồi, chỉ việc thả cho lồng chìm xuống tầng đáy và vớt lồng, sáng ngày thu sản phẩm”.
Ông Công Sanh - chuyên viên Ban Quản lý Khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm cho rằng, trước sự phát triển mạnh mẽ của nghề lưới lồng như hiện nay, để giảm tránh tình trạng nguồn lợi thủy sản bị cạn kiệt, thời gian đến rất cần có sự vào cuộc của cả hệ thống chính trị địa phương. Tại các bãi giống, bãi đẻ, bãi ương giống tự nhiên trong hệ sinh thái vùng bờ, cửa sông đến hệ sinh thái biển, cần có những biện pháp quản lý chặt chẽ, nghiêm cấm hoặc không khuyến khích mở rộng loại hình đánh bắt đối với nghề lưới lồng. Các địa phương cần đẩy mạnh công tác tuyên truyền, giáo dục về mục đích công tác bảo tồn nguồn lợi thủy sản, đồng thời cần điều tra, đánh giá một cách tổng quan về số lượng hộ đang làm nghề lưới lồng của các khu vực vùng ven như xã Cẩm Kim, Cẩm Nam, Cẩm Thanh và các vùng lân cận để đưa ra những giải pháp hỗ trợ, chuyển đổi sinh kế phù hợp.
Trên thực tế, Chính phủ có quy định rất cụ thể về việc xử phạt đối với trường hợp sử dụng ngư cụ có mắt lưới nhỏ để khai thác thủy sản. Tuy nhiên thời gian qua, việc sử dụng lưới lồng tràn lan, gây nguy cơ cạn kiệt nguồn lợi thủy sản vẫn chưa được quản lý, kiểm soát tại các vùng sông nước Hội An.