Trước những bất cập ảnh hưởng đến lưu thông giữa đường bộ với đường sắt Bắc - Nam qua địa bàn tỉnh, Sở GTVT đã gửi nhiều kiến nghị đến Cục Đường sắt Việt Nam (Bộ GTVT) đề nghị giải quyết.
Giám đốc Sở GTVT Lê Văn Sinh cho biết, Quảng Nam đang thi công tuyến đường nối từ đường ven biển Việt Nam đến đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi để kết nối vào đường cao tốc và các tỉnh Tây Nguyên. Trong đó, đoạn từ quốc lộ (QL) 1/Km972+200 (ngã ba Cây Cốc, Thăng Bình) đến nút giao đường cao tốc dài 4,3km hướng tuyến bám theo QL14E phải cắt qua đường sắt (lý trình km840+985). Theo quy hoạch, đường ngang giao cắt với đường sắt, điểm giao cắt này là khác mức. Bộ GTVT đang có kế hoạch xây dựng, nên trong phạm vi nút khác mức 500m dự án không đầu tư. Do vậy, Cục Đường sắt Việt Nam cần đề nghị Bộ GTVT sớm đầu tư cầu vượt để đồng bộ với dự án.
UBND tỉnh cũng đang triển khai dự án Liên kết vùng miền Trung (Thủ tướng Chính phủ phê duyệt chủ trương đầu tư tại Quyết định số 1143/QĐ-TTg ngày 27.6.2016) để kết nối từ đường Thanh niên ven biển đến đường Ven biển Việt Nam, QL1, QL40B đến cửa khẩu Bờ Y và các tỉnh Tây Nguyên. Tuyến đường liên kết vùng đi theo đường ĐT615 (km11+100 - km16+850) và cắt qua đường sắt tại ga An Mỹ (Phú Ninh), đoạn này dự án giữ nguyên hiện trạng (nền đường 9m, mặt đường 8m) không nâng cấp mở rộng. Sở GTVT kiến nghị Cục Đường sắt Việt Nam sớm có giải pháp di dời ga An Mỹ để rút ngắn thời gian phải chờ tàu (có thời điểm chờ lên đến 60 phút) nhằm đảm bảo tính liên kết vùng của dự án.
Ở phía bắc, tuyến ĐT609 là trục đường huyết mạch, nối từ QL1 đến đường cao tốc và đường Hồ Chí Minh, giao cắt cùng mức với đường sắt tại km7+726 (lý trình đường sắt km814+012). Vào giờ cao điểm, nhất là dịp Tết Nguyên đán, ùn tắc đã xảy ra, lực lượng Cảnh sát giao thông Công an thị xã Điện Bàn phải túc trực phân luồng. Chính vì vậy, Cục Đường sắt Việt Nam cần bổ sung quy hoạch đường ngang giao cắt tại vị trí này là giao cắt khác mức.